由于農藥的品種繁多，各種農藥的化學結構各異，不同的農藥需采取不同的檢測方法，同時中藥中自身的化學成分的性質若與農藥相近，就會對農藥的檢測形成干擾。中藥中農藥的殘留量屬于痕量級，所有這些決定了中藥農藥檢測存在著較大的難度，許多學者都致力于探索中藥中農藥殘留檢測的方法。許多科技型企業也研發了各種型號的農藥殘留檢測儀來做中藥材的農藥殘留檢測，據文獻報道現有的中藥農藥檢測的方法主要有以下這些：
氣相色譜法（GC）
氣相色譜法（GC）是農藥殘留測定主要的分析手段，在有機氯和有機磷農藥的分析領域中GC法仍占絕對優勢。且由過去以填充柱為主，轉為目前以毛細管柱為主。
高效液相色譜法（HPLC）
高效液相色譜法（HPLC）在農殘分析的應用越來越廣泛，適合在分析熱不穩定與強極性農藥及其代謝產物，而且能夠與柱前提取、純化及柱后熒光衍生化反應并與MS等聯用，易實現分析自動化，同時一些新型檢測器的問世在一定程度上提高了HPLC的檢測靈敏度。其局限性在于主要用于對熱不穩定、難揮發的離子型農藥，現常常用在氨基甲酸酯類化合物分析測定。
氣相色譜-質譜法（GC-MS）
氣相色譜-質譜法（GC-MS）GC-MS和GC-MS-MS聯用技術已經成熟，MS已成為農殘分析中的常用方法，由于串聯質譜（MS-MS）可以減少干擾物的影響，提高儀器的靈敏度，隨著質譜技術的發展，質譜法已成為農藥殘留分析的有效手段，用化合物的質譜圖鑒定組分優于色譜的保留時間，用色譜保留時間和質譜指紋數據對化合物進行分析，最大限度地保證了分析的可靠性。
薄層色譜法（TLC）
薄層色譜法（TLC）TLC無需特殊設備，簡便易行，能夠同步分析多個樣品，多數用在復雜混合物的分離與篩選。TLC除用特殊的顯色劑觀察斑點顏色和用Rf定性外，與其它技術聯用，不僅可定性，而且可對樣品中被分離的一種或多種成分進行定量分析。
酶聯免疫吸附法
酶聯免疫吸附法（enemy linked immunosorbent asaay,ELISA）利用酶標記抗體、抗抗體或抗原，通過抗原抗體之間發生ELISA反應，依靠比色來確定農藥殘留量。其方法優點是特異性強，靈敏度高，快速簡便，可準確定性定量，適用于現場分析；缺點是由于制備抗體較困難，可能會出現假陽性或假陰性現象。
活體生物測定法（ABBA）
原子吸收光譜法
原子吸收光譜法主要用于無機鹽農藥的檢測。
總之，對藥材生產基地規定其選擇標準，一般選擇生地，以避免土壤經多年種植中遺留的農藥影響所種植藥材的質量。規定中藥材生產可限制性使用的化學農藥種類、毒性分級、施用農藥的時間及方法、農藥的最小有效用量及最后一次施藥距采收間隔期。對藥材種植人員，應加大植保知識的宣傳力度，杜絕使用高毒農藥及假冒偽劣農藥；教育其以生態學指導，充分利用抗性品種和天敵兩大優勢，盡量減少農藥使用量，并逐步過渡到不使用農藥生產的綠色中藥材。改善中藥加工的設備和倉儲條件。避免中藥材在加工、倉儲過程中受到污染。
逐步建立各類中藥農藥殘留檢測的方法、限量標準以及監測機構。伴隨著5中藥材生產質量管理規范（試行）6等法規的施行，相信我國藥材生產必將進入有序良性發展軌道，從而使我國藥材以高品質進入國際市場，參與市場競爭。
